明舜制藥依據中國食品SC（QS）認證要求、ISO質量管理體系QMS、ISO食品安全管理體系FSMS、FDA食品安全現代化法案FSMA、FDA 21 CFR 111制定了較為完善的質量管理體系和食品安全管理體系。

到目前為止，公司獲得通過了NSF-cGMP、ISO9001、ISO22000、BRC、SC（QS）、GEP，TUV、ORGANIC、GRAS、NON-GMO、KOSHER、HALAL等體系認證及產品認證, 并通過了世界著名食品企業及藥品企業的供應商現場審核。